این موزه با ۶ بخش مراغه کهن، سفال، سکه، کتابت، فلز و شیشه یاد آور فرهنگ و تمدن مردم ایران در ۷۷۹ سال پیش است.

در بخش سفال موزه تخصصی ایلخانی مراغه از تمام تکنیک‌های رایج سفالگری آن دوره که عصر طلایی سفالگری ایران نیز نام گرفته آثار بی نظیری به نمایش در آمده است.

کاسه، بشقاب، آبریز وانواع ظروف تزئینی از جمله سفال‌های به نمایش در آمده در این موزه است.
در بخش کتابت نیز صفحاتی از قرآن‌های نفیس به نمایش در آمده که برای نخستین بار در این قرآن‌ها ترجمه فارسی زیر آیات نگاشته شده است.

مجموعه سکه‌های این موزه نیز شامل ۱۵۰ عدد سکه کامل‌ترین و ارزشمندترین سکه‌های دوره ایلخانان مغول است و از همه ایلخانانی که در ایران حکومت کرده اند سکه‌های ارزشمندی به نمایش گذاشته است.

در بخش مفرغ و شیشه این موزه آثارگرانبهایی از دوره ایلخانی به نمایش در آمده است.
بخش مراغه کهن را نیز آثار کشف شده از محوطه‌های باستانی و تاریخی این شهرستان شامل می شود.

آثار به نمایش درآمده در این موزه از حفاری‌های محوطه‌های باستانی شهر‌های مختلف ایران شامل آذربایجان شرقی، گرگان، همدان، کاشان، خراسان و قزوین به دست آمده است.

در حکومت ۱۰۴ ساله ایلخانان در ایران ۱۷ نفر فرمانروایی کردند.